در حالی که سازمان راهداری مدعی مدیریت بهینه پایانه های مرزی است، گمرک می گوید راهداری نمی تواند در توسعه ترانزیت مدیریت مناسبی داشته باشد. به گزارش اقتصادسرآمداز مهر، بارها و بارها مزیت جغرافیایی ایران در حوزه ترانزیت و قرار گرفتن در کریدورهای شمال-جنوب و شرق به غرب یادآوری شده اما این به تنهایی کافی نیست و باید زیرساخت‌های لازم را برای تبدیل مزیت جغرافیایی به مزیت رقابتی فراهم کرد.
این در حالی است که به دلیل وجود نهادهای متعدد و متکثر که نه تنها امکان همگرایی ندارند بلکه بعضاً به چالش با یکدیگر روی می‌آورند، صنعت ترانزیت خصوصاً ترانزیت جاده‌ای در ایران در حال تضعیف روزافزون است؛ به خصوص که رقبای منطقه‌ای ما برنامه‌های بلندمدت برای توسعه زیرساخت‌های حمل و نقلی و همچنین رایزنی با دیگر کشورها را برای جذب بارهای آنها از مسیرهای خود دارند. کارشناسان اقتصاد حمل و نقل معتقدند برای توسعه ترانزیت صرفاً مزیت جغرافیایی کافی نیست و باید سرمایه گذاری‌هایی گسترده‌ای در بخش‌های مختلف اقتصادی انجام داد که مهمترین آنها ایجاد زیرساخت‌های دسترسی مناسب به آب‌های آزاد، همچنین برقراری رابطه میان کشورهای منطقه با موقعیت‌های جغرافیایی مناسب، توسعه کمی و کیفی ناوگان، افزایش پایانه‌های مرزی و از همه مهم‌تر ایجاد قوانین و مقررات مناسب و نیز برقراری هماهنگی میان دستگاه‌های مرتبط در بخش ترانزیت است، برای رفع موانع ترانزیت از اهمیت بالایی برخوردار است.
در این میان پایانه‌های مرزی از جایگاه مهمی برای توسعه ترانزیت برخوردارند؛ در حال حاضر ۳۲ پایانه مرزی مجهز تا سال ۹۸ در کشور ایجاد شده است که با توجه به موقعیت ژئوپلتیک ایران اگر همه امکانات موجود در پایانه‌های جاده‌ای و ریلی مرزی بسیج شوند می‌توان با استفاده از ظرفیت‌های موجود به رشد و توسعه اقتصادی کشور و صادرات و واردات کالا کمک شایان توجهی کرد.
کارشناسان معتقدند در حال حاضر مهمترین موانع ترانزیت در ایران در بخش نرم افزاری، وجود قوانین و مقررات موازی و دست و پاگیر، تشریفات اداری زائد، تأخیر فراوان در ترانزیت کالا از مسیر ایران، تعدد سازمان‌های تصمیم گیر و اجرایی در حوزه ترانزیت، اقدامات کنترلی مضاعف و دخالت در وظایف سازمان‌های مذکور بدون هماهنگی با آنها، عدم انطباق مقررات حمل و نقل بین‌المللی و گمرکی ایران با عرف رایج بین‌الملل، نبود تعرفه دقیق و رقابتی برای حمل کالا از مسیر ایران، نگاه جزیره‌ای سازمان‌های مرتبط با ترانزیت و نبود نگرش کلان و مثبت نسبت به این حوزه و … بیان می‌کنند.
در حال حاضر دستگاه‌های متعددی مانند وزارت راه و شهرسازی، شامل سازمان بنادر، شرکت راه آهن و سازمان راهداری، گمرک ایران، نیروهای انتظامی و دیگر دستگاه‌ها در حوزه ترانزیت دخالت می‌کنند اما متأسفانه تعرفه‌های رقابتی در بخش‌های یاد شده با دیگر زیرساخت‌های کشورهای همسایه سبب شده تا تعرفه رقابتی نداشته باشیم و تعرفه مثلاً تخلیه و بارگیری کالا در بنادر ایران با بنادر کشورهای منطقه اختلاف زیادی دارد یا اینکه تعرفه حمل ریلی کالا که از سوی شرکت راه آهن اخذ می‌شود نسبت به کشورهای همسایه و رقیب از تعرفه بالاتری برخوردارند.
گذشته از موارد مذکور، معطلی بالای ناوگان جاده‌ای و ریلی ایران برای حمل کالای ترانزیتی، هزینه‌های بالای اخذ روادید از سوی دستگاه‌های ذی ربط، توقف‌های متعدد کامیون‌های ترانزیتی در مسیر تردد جاده‌ای، قرنطینه‌های غیرضروری از سوی وزارت جهاد کشاورزی برای کالاهای خوراکی و غذایی و مشکلات نقل و انتقال پول در کشور ما از دیگر موارد کاهنده توسعه ترانزیت محسوب می‌شود.
بابک طالبی معاون حمل و نقل سازمان راهداری و حمل و نقل جاده‌ای در گفت وگو با خبرنگار مهر گفت: بر اساس ماده ۶ مصوبه جلسه هفتادم شورای عالی اداری کشور، اداره امور و هماهنگی فعالیت‌های همه پایانه‌های مرزی بر عهده سازمان راهداری و حمل و نقل جاده‌ای است که نشان می‌دهد این سازمان مدیریت هر پایانه مرزی را برعهده دارد.
وی افزود: هماهنگ کردن همه امور واحدهای مستقر در مبادی ورودی و خروجی مجاز زمینی کشور برعهده سازمان راهداری و حمل و نقل جاده‌ای است اما در سه سال گذشته بر اساس تصمیم مقامات ارشد کشور، مدیریت پایانه‌های مرزی به گمرک واگذار شده بود که نهایتاً در جلسات هیئت دولت و ستاد هماهنگی اقتصادی دولت به دستور رئیس جمهور بار دیگر مدیریت پایانه‌های مرزی به وزارت راه و شهرسازی و سازمان راهداری منتقل شد.
طالبی به وجود نهادهای متعدد در پایانه‌های مرزی اشاره و اظهار کرد: رکن موفقیت در مدیریت پایانه‌های مرزی، تعامل سازنده بین همه این نهادها است. همچنین باید سازمان راهداری در جمع آوری و اشتراک گذاری اطلاعات فعالیت هر نهاد، به مدیریت بهینه پایانه‌های مرزی اقدام کند.
معاون حمل و نقل سازمان راهداری گفت: این سازمان در حال مطالعه الگوهای مختلف مدیریت بهینه پایانه‌های مرزی در کشورهای پیشرو است تا یک ساختار کارآمد برای مدیریت پایانه‌های مرزی کشورمان طراحی و اجرا کند.
وی از دیگر برنامه‌های سازمان راهداری را واگذاری امور تصدی گرایانه از ستاد مرکزی سازمان راهداری به مدیریت‌های استانی است تا چابک سازی مدیریت پایانه‌های مرزی افزایش یابد.طالبی تاکید کرد: ایجاد سامانه یکپارچه حمل و نقل بین‌المللی با همکاری دستگاه‌های مرتبط در دستور کار سازمان راهداری است؛ برای تحقق این موضوع، نیاز به یکپارچه سازی خدمات در بخش‌های سخت افزاری و نرم افزاری دارم.به گفته این مقام مسئول در سازمان راهداری، نهادهای بین‌المللی مرتبط با حمل و نقل جاده‌ای شامل اتحادیه حمل و نقل بین‌المللی جاده‌ای (IRU) سازمان همکاری‌های اقتصادی (اکو) و … نیز بر یکپارچه سازی مدیریت نهادهای کنترل مرزهای هر کشور تاکید دارند. بنابراین تحقق راه اندازی چنین سامانه‌ای به ارتقا جایگاه لجستیکی ایران در مجامع تخصصی بین‌المللی منجر 
خواهد شد.